活性碳口罩和外科口罩兩者的過濾效果與特性不同，因此使用的對象與時機也不相同，活性碳口罩主要功能是去除有機氣體，如加油時或是油漆所產生的異味，對於阻絕懸浮微粒(PM2.5) 及細菌穿透，效果並不佳。醫用口罩則用於阻隔飛沫、微粒及細菌穿透，可避免疾病散播與傳染。
一般醫用的外科手術口罩有三層，外層是有顏色的不織布，經過防潑水處理，可預防飛沫傳染，中間則是靜電過濾層，能夠過濾、吸附細菌，內層為吸水的材質，可以吸附戴口罩者的口沫。
活性碳口罩中之活性碳具有多孔隙的結構。其過濾層的主要功用在於吸附有機氣體、具惡臭的分子，並非用於過濾粉塵，不具阻隔細菌穿透的功能。
食藥署提醒，選購時請認清楚產品有沒有取得衛生福利部核發的「醫療器材許可證」字號，也要確認產品是否有完整之資訊，例如品名，製造廠名稱及地址，藥商名稱、地址、產品製造日期、保存期限或批號。並應遵循該產品之使用方法及其他相關注意事項。以確保達到想要的使用效果喔!
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