馬鈴薯變綠色，主因是光合作用而產生葉綠素。馬鈴薯變成綠色的狀況，不單發生在收穫之後，因為在栽種的過程中，有時候會因為種植深度不足，造成持續成長的馬鈴薯被光線照射到，也會產生變綠的結果。
馬鈴薯有葉綠素存在的部分，會產生大量生物鹼。配醣生物鹼(glycoalkaloids)是馬鈴薯塊莖的天然成分，是一種植物之二次代謝物，存在於茄科植物中(如馬鈴薯、番茄或茄子)，具有殺蟲及殺菌活性，能幫助植物抵抗動物、昆蟲及真菌危害。
國際間與本國衛福部標準，訂定馬鈴薯塊莖中總配醣生物鹼之總和限量為200mg/kg。
採購馬鈴薯時，建議挑選儲存良好、表面完整乾淨、觸感堅實光滑、沒有發芽的馬鈴薯，購買後要低溫保存，避免陽光照射及放置過久。如發現馬鈴薯已發芽、變綠、變質及腐敗情形，建議不要再食用。
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